Aardappelen koken kan ook in een microgolfoven. De aardappelen worden geschild in een kom gelegd. Belangrijk is dat de kom niet te groot is en dat de aardappelen goed dicht bij elkaar liggen zodat de bereidingstijd niet wordt verlengd. De gaartijd hangt af van de grootte van de aardappelen, de aardappelsoort en de portie die wordt bereid. Het duurt bijvoorbeeld 7 minuten om 500 gram aardappelen op 1000 Watt gaar te krijgen. Wanneer de aardappelen in de schil worden gekookt dienen ze vooraf doorprikt te worden met een vork om zo openbarsten te voorkomen.

Een microgolfoven werkt met elektromagnetische golven die door het levensmiddel worden gestuurd. Hierdoor botsen de ionen in het levensmiddel en geven ze hun energie af. De belangrijkste opwarming komt echter van de wrijving van moleculen in het levensmiddel. Het product warmt homogeen op van binnen uit. Hierdoor duurt de verhitting minder lang en gaan er minder vitaminen verloren. Ook wordt er bij deze bereiding minder water gebruikt waardoor uitloging van vitaminen en mineralen in water ook minder plaatsvindt.