De controle wordt uitgevoerd door het Federale Agentschap voor de Veiligheid van de Voedselketen (FAVV). Het FAVV is door de federale overheid opgericht om te waken over de voedselveiligheid. Ze controleren de primeur- en bewaaraardappelen van de binnenlandse markt, van de import en van de export. Ze geven daarnaast ook de erkenningen aan bereider - verpakkers wanneer deze aan de eerder genoemde voorwaarden voldoen. Ze voeren ook controles uit op de kwaliteitseisen van aardappelen na oogsten en bereiden. Tot slot delen ze het fytosanitair certificaat uit dat bij gecertificeerd pootgoed hoort, na controle op afwezigheid van plantenziekten.

Sinds 2003 bestaat er een koninklijk besluit op autocontrole, traceerbaarheid en meldingsplicht dat leidde tot de gidsen voor autocontrole. In 2006 ontstond de gids autocontrole voor de primaire plantaardige productie (landbouwbedrijven) en in 2007 de gids autocontrole handel in en verwering van aardappelen, groenten en fruit. Aan de hand van deze gids kunnen alle schakels in de aardappelketen aantonen dat ze een veilig en correct product maken.