Het verschil tussen een voedselintolerantie en een allergie is het mechanisme dat erachter zit in het lichaam.

Bij allergieën is dit exacte mechanisme gekend en weet men dat het immuunsysteem verantwoordelijk is voor de reacties die optreden. Bij een tarweallergie worden door het lichaam antistoffen geproduceerd tegen bepaalde eiwitten (globulines, albumines, gliadines), die men in tarwe terugvindt.

Bij intoleranties is het werkingsmechanisme meestal niet gekend. Het immuunsysteem is niet bij de reacties betrokken en de reacties treden pas een lange tijd na inname op. Voedselintoleranties zijn niet levensbedreigend, terwijl vele voedselallergieën dat wel zijn.

Coeliakie is een uitzondering onder de voedselintoleranties, omdat het immuunsysteem hier wel een rol speelt. Het wordt echter bij de intoleranties geclassificeerd omdat de symptomen hier beter bij aansluiten.